Археологический музей (Arheološki muzej) является своеобразным преемником Национального музея, старейшего музея Загреба, основанного в 1836 году. Впервые Национальный музей был открыт для публики в 1846 году. Первым хранителем музея был назначен Драгутин Драшкович.

С момента своего основания музей пережил различные организационные стадии своего становления. В 1866 году музей по предложению правительства стал национальным учреждением Хорватии, Славонии и Далмации. Потом музей был разделен на археологическую и природно-историческую части. Только в 1939 году Археологический департамент Национального музея стал независимым музеем.

Все изменения, произошедшие в структуре музея, никак не повлияли на качество экспонатов. Более того, коллекция музея постоянно пополнялась находками, и сейчас в музее насчитывается более 450 000 экспонатов, собранных из различных источников. В музее демонстрируются пять основных коллекций – египетская, коллекция античных времен, доисторическая, коллекция средних веков и нумизматическая.

Самые известный экспонат египетской коллекции – это мумии. В нумизматической коллекции можно увидеть греческие, римские, византийские, кельтские и современные монеты. Основная тема коллекции средних веков – «Великое переселение народов». Не менее ценными экспонатами является Голова Плаутиллы из древнего города Салона и обертываение Загребской мумии — этрусская «льняная книга» Загреба.

Археологический музей также располагает одной их самых обширных археологических библиотек Хорватии.